Doordat het HIV-virus zich zeer snel muteert ontstaan er zeer veel varianten van het HIV-virus. Dit betekent dat als het immuunsysteem één variant heeft herkend er nog veel meer zijn die het lichaam nog niet herkend heeft en dus ongestoord zich kan vermenigvuldigen. Het immuunsysteem werkt dus tevergeefs tegen het virus omdat het iedere keer dat ze er één ontdekt er al weer nieuwe varianten zijn. Daarnaast kan het virus zich verbergen voor het immuunsysteem. Als het HIV-virus zich in een T-cel plaatst, is deze onzichtbaar voor het immuunsysteem. Na enige tijd begint de de geïnfecteerde T-cel nieuwe kopieën van het virus in de bloedbaan af te geven en die kunnen dan weer nieuwe cellen besmetten. Het lichaam kan dus nooit door middel van het immuunsysteem alle HIV-virussen vernietigen omdat het niet bij die virusdeeltjes in de T-cellen kan.